由于生物有机肥和精制有机肥（将畜禽粪便、秸秆等有机物料进行无害化处理后形成的商品有机肥）在商品形态上区别不大，加之一些精制有机肥厂家夸大宣传，在包装标识上打擦边球，有意靠近生物有机肥，给宽大农民和一些经销商造成看法上的混淆
。其实，生物有机肥和精制有机肥是有实质区别的
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 生物有机肥执行标准为NY884—2004，以有效活菌数和有机质为考量指标，要求每克含有效活菌数不低于2000万个，有机质不低于25%（按新检测要领调解为40%）
。对无机养分的要求为：若产品中加入无机养分，应明示产品中总养分含量，以氮、五氧化二磷、氧化钾总量体现；而精制有机肥执行标准为NY525—2002，以有机质和氮磷钾为考量指标，要求有机质不低于30%，氮磷钾总含量不低于4%
。简单说，生物有机肥含有益功效菌，精制有机肥不含有益功效菌
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  第二、治理权限差别
。生物有机肥的治理、发证机关为国家农业部，只有获得农业部微生物肥料挂号证的生物有机肥才允许生产、销售和使用；精制有机肥的治理、发证机关为省级农业主管部分
。简单说，生物有机肥是国家发证，精制有机肥是省上发证，这是区别生物有机肥和精制有机肥 直接的要领
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  第三、生产工艺差别
。生物有机肥是在发酵腐熟的有机肥中加入有益菌制成的，生产工艺的焦点是菌种的发酵培养，培养结果要使产品中的有效活菌数抵达农业行业标准的要求，不然就是缺乏格产品
。而精制有机肥的生产工艺仅仅是有机肥的腐熟
。从生产工艺考量，生物有机肥有菌种培养工艺，精制有机肥没有
。有经验的经销商考察生物有机肥企业时，不但看厂区规模，还要看有没有菌种培养工艺和工艺的先进性
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  第四、施用效果差别
。生物有机肥发挥作用的主要是其中的有益功效菌，因此除具有精制有机肥增补土壤有机质的功效外，另有疏松土壤、改善农作物品质、提高化肥利用率、刺激根系发育、防病抑病等菌肥的功效，另外，生物有机肥中的功效菌还能增进有机质进一步熟化和营养物质转化，提高有机质效能
。简单说，生物有机肥的功效要比精制有机肥宽泛得多，充其量也只能说精制有机肥是生物有机肥的半制品
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  第五、销售价格差别
。相对精制有机肥而言，生物有机肥增加了菌种发酵环节，对工艺的要求要严格得多，较大幅度增加了生产本钱，售价也相应提高
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